記憶がフレッシュなうちにまとめておこうと思います。

1.クランクセット(スギノOX901D Classic Compact Plus+)

まずクランク長が2.5mm短くなっているので、単純にクランクの下死点は2.5mm上昇しているはずだよな…と考えてサドルを2mmくらい上げました。
ついでにほんのわずかにサドルを前に出して座る位置は変化しないようにしました。
結果、サドルの高さとハンドルまでの距離、サドルとハンドルの落差がちょうどいいくらいにまとまったのか、非常に楽なポジションができました。
クランクも非常に回しやすいですし、短くして良かったと思います。

46-34というチェーンリングの歯数構成は目論見通り非常に使いやすく、アウターギアの出番が増えました。
本当に贅沢言うならスプロケットに18Tがあると良いのですが、現状でも十分満足です。

フロントの変速はやはりシマノの純正品に比べると若干劣る印象です。
一発できれいにガシャンと入る場合もあるのですが、時々ガチャガチャン！とちょっと時間がかかっているときがあります。
実用上問題は感じないのでOKです。

2.バーテープ（LizardSkins DSP1.8mm）

これは小さい変更でしたが薄くして大正解でした。
バーそのものはもちろん、ブラケット部もかなり細く感じます。
手が小さくてSTIレバーってなんでこんなにでかいんだろうとお悩みの方はとりあえずバーテープを薄いものにすると感触が良くなるのではないでしょうか。
PCのマウスやキーボードもそうですが、体と触れる部分は重要だと思います。

3.ホイール（MAVIC CXP22+シマノ9000系ハブの手組み）

そして一番走行に影響のありそうなホイールです。
場面ごとに感触を列挙していきたいと思います。

【加減速】
停止時からの発進が一番効果がありそうな感じがしますが、発進時は正直それほどでもない、と思いました。
今までと感触が違うのはある程度加速した後で、非常に加速がしやすい感じがします。

これは明らかにペダルが軽くてスイスイ走れるという性格のものではなくて、路面をとらえる能力が高いことから来る加速の良さという感じです。
舗装に細かい段差や波打ちがあっても跳ね気味になることもなくしっかり加速してくれる感触があります。
ホイールのせいなのかタイヤのせいなのかはわかりませんが、この路面追従性の良さというのは一番変化があったと思う要素です。

リムはきれいに研磨されていてブレーキがよく効きます。
仕上げがていねいなので継ぎ目で引っかかったりすることもありません。

【巡航】
ベアリング類がハブ・ボトムブラケットとグレードアップしたので、回しやすさから来る巡航のしやすさはあります。
どちらかというとホイールというよりは167.5mmクランクの影響が大かもしれません。

特筆するべきだと思うのはハブがよく回るので惰行がかなり伸びるということです。
力行の時間が短くなるので長時間走っていると地味に体力の節約になります。

【登り】
重量がそれほど変わらないので劇的には変わらないかと思っていましたが、劇的とは言わないまでも明らかに楽です。
特に～5%くらいの緩勾配で体感しやすいように思いました。
時間の都合で本格的に長い坂が登れていないのですが、街なかの急勾配の坂も多少楽になった感じはあります。

【下り】
やはりハブがよく回るのでちょっとした下り坂でも足が止められて非常に楽です。
ツーリングでは助かると思います。
ふらつくこともなく、安定感も十分です。
前もクロス組みになっているためか、コーナリング時も前側がフワッとせずに安心感があります。

やはり手組みホイールはなかなか良いと思います。
同一価格帯で比較すれば絶対的な性能やコストパフォーマンスでは完組みホイールの方が優秀だろうとは思いますが、いわゆる乗り味については独特の良さがあると思います。
手組みって気になるんだよな…という方は是非一度試されてはいかがでしょう。

というわけで費用はかかりましたが納得のリニューアルとなりました。
4年くらいロードバイクに乗っていて固まってきた乗り方のスタイル（のようなもの）に合致した仕様になったと思います。