ATOKの変換候補には入力結果から学習されたユーザ辞書のほか、最近のバージョンではクラウドサービスから変換候補を取得するクラウド辞典という変換候補も表示されます。
しかし、ATOKを使っていくとユーザ辞書には載っていないが、過去に明らかに自分が入力した単語が高い順位で表示され続けることがあります。これは推測変換候補と呼ばれており、ユーザ辞書とは違うもののようです。
その単語を今後もよく使うようなら問題ないのですが、当面使わない単語であれば変換候補から削除することができます。
操作方法は変換候補にカーソルを合わせてCtrl + Delです。これで推測変換候補として出てこなくなります。推測変換自体が不要であれば、設定で不使用にすることもできます。このあたりも細かくメンテナンスすると、使いやすくなると思います。