先日関東から長野方面に戻る際に、事前に紙のきっぷを買っておいたにも関わらずSuicaで入場するという失敗をしてしまいました。その場で駅員さんに申し出られれば良かったのですが、あいにく時間帯が早く、まだ窓口が開いていませんでした。
途中下車同様に途中乗車ができるのか調べてみましたが、旅客営業規則第148号3項には乗車券途中区間からの乗車が可能である旨明記されています。
この情報が確認できたので、乗り換え駅で一度Suicaで出場し、紙のきっぷで入り直してリカバリ完了となりました。
仮に紙のきっぷを払い戻して買い直すと手数料が220円かかるので、誤ってSuicaで入場してからすぐ気づけば手数料より少ない費用でリカバリ可能です。
ベストはその場で駅員さんに対処してもらうことなのでしょうが、早朝や無人駅など状況限定で役立つと思います。