上書き保存をすると画像のような「Could not save to the file “プロジェクト名”」メッセージが出て保存ができないのでおかしいなと思っていました。
プロジェクト名をリネームすれば良いのですが、毎回それも面倒です。

gol兄貴情報によると

[\FLをインストールしたフォルダ\Data]

の直下に”backup”というフォルダを作ればいいそうです。
確かにその通りにしたら解決しました。