考えただけで終わってしまいました。
今日うとうとしている時にふと

「オーディオインターフェイスに送った音声をタイムコードコントロールで出力した音声とは別にそのままDJミキサーに戻せば共存できるんじゃ？」

と思いついて、なぜ今までこんな簡単なことに気づかなかったんだという気持ちになったのですが、
よく考えたら現状Deckadance2には入力された信号をスルーする機能がありませんでした。
（初代Deckadanceにはありました）
うとうとしている時に思いついたことなのでこんなもんなのかもしれません。

恐らく本当に実現しようとするなら、ケーブルのルーティング等ハードウェア的に対策するしかないように思えますが、
そもそもそうまでして共存させる必要性はないような気がしています。