FL Studioでは曲データをWAV形式で書き出すことができますが、書き出しの設定をする画面ではサンプリング周波数を設定する項目がありません。

サンプリング周波数は書き出しの画面ではなく、本体のOptions→Audio Settingsで行います。

音楽ファイルの場合は44,100Hzに設定することが多いと思いますが、動画用途だと48,000Hzを設定する場合もあります。事前にこの項目を設定した上で書き出せば目的のサンプリング周波数で出力されます。