Sytrusのモジュレーションを操作するマトリックス部にはオートメーションの設定ができません。
なんとかオートメーションで変調ができないもんかなと思っていましたが、オペレータ（オシレータ）のボリュームをMOD XやMOD Yに割り当ててやればX-Yコントローラを介してオートメーションが可能です。

図はOP2のボリュームをMOD Xに割り当ててみた様子です。Xの値が大きくなるほど変調が強くなります。

こんな感じでX-Yに割り当てます。