大きく変わったのは起動にかかる時間だそうです。

Opera 31 speeds up
[Opera Desktop team’s blog]

前のバージョンより70%ほど高速化しているとのことですが、元々起動が遅い印象がなかったので特に速くなった感じはしません。
普段の環境では常時開いているタブの読み込みも込みなので、自分の利用スタイルではちょっと意識しにくい部分はありそうです。

その他、ニュースなどが配信されるディスカバーがリニューアルされています。

気になっていたテーマが保存されない問題についてはありがたいことにコメントで情報提供を頂きました。
31になって起動のたびに確実にリセットされる、という状況は脱しましたが、まだ時折リセットされてしまうようです。
これについては自分の環境でも全く同じでした。

31のchangelogがまだ未公開なので、Opera側として対応したつもりなのかどうかが分かりません。
個人の好みですが、31になってデフォルトのテーマの色合いが落ち着いたのでその点は助かっています。（30はピンクと紫の背景でした）