Opera Nextをメインに変更したそばからアップデートがかかったようです。
変更点は主にセキュリティの向上と安定性の向上だそうなのですが、アップデートをするとブックマークにサイトを結構たくさん追加されます。（情報は当blogによくお出でになるhiro-shikiさんから頂きました。ありがとうございました）

ブラウザ初期導入時にある程度ポータルサイト等のブックマークが最初から入っているのならいいと思いますが、この振る舞いはちょっと頂けません。せめてユーザ側に追加してもいいかどうかを問い合わせるべきだと思います。
今後アップデートのたびに同様のブックマーク追加がないといいのですが…