コンパクトフラッシュは無事に取り付けられたので、とりあえず改めてUSBメモリ経由でDebianのセットアップを実行。
しかし、セットアップ終了後に再起動するとGRUBがエラーを出します。

Error21という内容だったので調べてみると「パーティションがGRUBに認識されていないのが原因だ」ということらしいです。

仕方がないので/bootをわざわざ明示的に切ってみたりBIOSの設定を変えてみたりいろいろやってみましたが改善せず。
最終的にはUSB-Knoppixでコンパクトフラッシュの中身をのぞいてみましたが、わしが見る限りは正常にセットアップされており別におかしい点はなさそうでした。

結局USBでライブ起動できるディストリビューションを検証過程でいろいろ試したのですが、Fedora12がコンパクトフラッシュにそのままインストールができ、シンプルで使い勝手も良かったのでそのまま採用することにしました。

LinuxについてはDebianを昔仮想マシンに入れて遊んでたのでDebianが採用内定だったのですが、FedoraもFedoraでなかなか使い心地はいいです。
基本的にファイル置き場利用のマシンなのですが、デスクトップ環境っぽい使い方もちょっと試してみたいところですね。